نسخهٔ قونیه کهن‌ترین نسخهٔ مثنوی مولاناست که حدود دو سال پس از فوت وی یعنی سال ۶۷۴ هجری قمری کتابت آن آغاز گشته و در سال ۶۷۷ هجری قمری به اتمام رسیده است.
کاتب این نسخه محمد بن عبدالله القونوی از مریدان سلطان ولد پس از تصحیح نسخه‌های دست‌نوشت موجود مثنوی توسط فرزند مولانا و خلیفهٔ او حسام الدین چلبی آن را استنساخ کرده است.
این نسخه با شمارهٔ ۵۱ و به ابعاد ۴۹.۷ در ۳۲.۲ سانتیمتر در موزهٔ مزار مولانا در قونیه نگهداری می‌شود.
جلد بسیار نفیس عصر سلجوقی، کاغذ کم آهار و اندکی ضخیم به رنگ زرد روشن از ویژگی‌های ظاهری این نسخه است.
دیباچه، شش دفتر مثنوی و آغاز متن هر دفتر به وسیلهٔ مخلص فرزند عبدالله هندی تذهیب شده است.
همان طور که اشاره شد کتابت این نسخه از روی نسخه‌ای است که در حضور مولانا تصحیح شده و در حضور حسام الدین چلبی و سلطان ولد با نسخهٔ اصلی مقابله شده است.
ظاهراً از نسخهٔ دست‌نویس چلبی اثری نیست. احتمال می‌رود طبق عادت مرسوم آن زمان پس از استفاده از آن نسخه به عنوان پیش‌نویس آن را به خاک سپرده باشند.
نقل از کتاب مثنوی معنوی از روی نسخهٔ قونیه به کوشش دکتر محمدرضا برزگر خلقی، انتشارات زوار
یک نسخهٔ تصویربرداری شده از این کتاب از کانال تلگرامی کتابخانهٔ اسلامی و تصوف دریافت و به گنجینهٔ گنجور اضافه شد. این نسخه به نظر می‌رسد از روی نسخهٔ عکسی منتشره در ترکیه به سال ۱۹۹۳ اسکن شده باشد. متأسفانه از تصویر در دسترس در این نشانی که خودش هم درست اسکن نشده چند صفحه افتادگی دارد.
این کتاب که به نظر می‌رسد با متن مثنوی گنجور همخوانی کامل دارد مطابق متن گنجور فهرست‌گذاری شده است و هم‌اکنون (جز ۴ بخش از دفتر چهارم مطابق افتادگی نسخهٔ تصویربرداری شده) تصاویر صفحات آن مطابق متن مربوط به هر بخش از گنجور در دسترس قرار گرفته است.
